多くの場合、両方使えます。ただし所得税の控除や固定資産税の減額では、「工事費から補助金等を差し引いた額」で要件（50万円超など）を判定し、控除額も計算します。補助金が大きいほど、減税の計算のもとになる額は小さくなります。
具体例で考える
窓の断熱改修を中心にした省エネリフォームで、標準的な費用の額が150万円、窓の補助金が60万円だった場合（数字は説明用の例）：
- 減税の計算のもとになる額：150万円－60万円＝90万円
- 50万円超の要件：90万円なので満たす
- 所得税の控除額：90万円×10%＝9万円（限度額250万円の範囲内）
もし補助金が110万円なら、残りは40万円で「50万円超」を満たさず、所得税の控除は受けられません。
組み合わせのルール
| 組み合わせ | 可否 |
|---|---|
| 国の補助金（住宅省エネ2026の各事業）どうし | 併用可能とされる。ただし同じ工事に二重には不可 |
| 国の補助金＋自治体の助成 | 自治体ごとに違う（併用不可の制度もある） |
| 補助金＋所得税の控除 | 可。ただし補助金を差し引いて計算 |
| 補助金＋固定資産税の減額 | 可。ただし補助金を差し引いて工事費の要件を判定 |
| 所得税の税額控除＋住宅ローン控除 | 同じ工事ではどちらか一方を選択（変更不可） |
| 固定資産税：耐震＋省エネ・バリアフリー | 同じ年度は不可（自治体の案内） |
見積もりの段階で「補助金の見込み額」と「減税の見込み額」を両方出しておくと、実質の負担がいくらになるかが見えます。業者は補助金にはくわしくても税金はくわしくないことがあるので、税金は税務署や税理士にも確認しましょう。
出典：国税庁 No.1219（補助金等を控除した後の額で50万円超）、国税庁 No.1224（選択適用）、「住宅省エネキャンペーンにおける3省連携（リフォーム）」、大垣市、鶴岡市。